Kraliçe de larva döneminden sonra diğer arılar gibi pupa aşamasından geçer ve yumurtanın bırakılmasından 16 gün sonra pupasından çıkar. Görünümü işçi arılardan oldukça büyük, erkek arılara göre ise daha uzundur.

Kovan güvenliği açısından -her türlü ihtimal göz önünde bulundurularak- işçi arılar aynı anda sadece tek bir tane değil, birkaç tane kraliçe adayı yetiştirirler. Kraliçeye herhangi bir zarar gelmesi durumunda hemen yeni bir kraliçe yetiştirilmeye başlanır. Yeni kraliçenin yaptığı ilk şey, içinde bal olan şapkasız bir hücre bulana kadar petekleri dolaşmaktır. Kraliçe bulduğu baldan yer ve hızla diğer petekleri dolaşmaya başlar. Amacı rakip kraliçeleri bir an önce bularak saf dışı etmektir. Yeni kraliçe, yumurtadan çıkmamış diğer kraliçe adaylarını bulduğu anda imha eder. Alt çenesiyle kraliçe pupasının bulunduğu hücreyi yırtar ve içerideki rakibini sokar. Ya da sadece hücrenin kapağını açık bırakarak imha işleminin tamamlanmasını diğer işçilere bırakır.



Kraliçe arı hücresinden çıkar çıkmaz ilk iş olarak kovanda bulunan diğer kraliçeyi yok eder. Resimlerde kavga eden kraliçeler görülmektedir.

Eğer kovanda başka bir yetişkin kraliçeye rastlarsa iki arı birbirlerine saldırır ve biri diğerini sokana kadar mücadele ederler. Sokulan arı ölür. Bu, aslında kovanda sıkça yaşanan bir olay değildir. Çünkü sadece eski kraliçe çok yaşlı ise veya yeni bir koloni kurmak için kovandan henüz ayrılmamışsa kraliçeler karşı karşıya gelir. Genelde kovandaki yeni kraliçe ortaya çıktığında eski kraliçe kovanı çoktan terk etmiş olur. Kraliçenin rakiplerini öldürmek için bu kadar ısrarlı davranması kovanın düzeni açısından çok önemlidir. Çünkü kovan disiplininin sağlanması için bir kovanda yalnızca bir kraliçenin bulunması şarttır.
Kovanın yeni kraliçesi hücresinden çıkar çıkmaz hemen eski kraliçenin yerini tutamaz. Çünkü henüz yumurtlamaya başlamamıştır. Yumurtlayabilmek için kraliçenin öncelikle çiftleşmesi gerekir. Ancak çiftleşme hiçbir zaman kovan içinde gerçekleşmez. Kraliçe bir süre sonra kovan dışına çıkar ve çiftleşmek için erkek arılar arar.
Kraliçe arının kovan dışına çıktığı iki durum vardır. Çiftleşme uçuşu ve "oğul verme" zamanı. Bu iki dönem dışında kraliçe kovandan dışarıya çıkmaz.
Çiftleşme uçuşuna çıkmadan önce kraliçe kovan içinde sürekli dolaşır. 5. Ve 6. günlerde sık sık kovan kapısına gider. Bir hafta dolduğunda ise kovanın konumunu öğrenmek ve çevreyi tanımak için kısa mesafeli uçuşlara çıkar. Bu uçuşlar bir dakika ile başlar. Günler geçtikçe uçuş süresi yarım saate kadar çıkar. 

Kraliçenin Çiftleşme Uçuşu

Çiftleşme uçuşuna çıkan kraliçe arıyı bekleyen erkek arılar.

Kraliçe çiftleşmek için kovandan bir grup arıyla birlikte yola çıkar. Bir süre sonra beraberindeki arılardan ayrılır ve erkek arıların toplandığı alanlara doğru tek başına uçar. Bu alana belli bir oranda yaklaştığında erkek arıların kendisini bulmalarını sağlayan bir tür feromon salgılamaya başlar.

Erkek arıların kraliçeyi fark etmeleri ile gerçekleşen ve "çiftleşme uçuşu" adı verilen bu uçuş, kraliçe arı pupasından çıktıktan 10 gün sonra gerçekleşir.50 Kraliçe arıların üreme organları, yumurtaları üreten iki yumurtalık ve çiftleşme uçuşu sırasında erkeğin spermatozoasının yerleştiği "spermatheca" adı verilen vücudunun arka tarafındaki bir kesecikten oluşur. Bu kesecik koloninin yeni elemanları olan arıların hayatında oynayacağı rol nedeniyle son derece önemli bir göreve sahiptir. Erkek ve dişi arıların çiftleşmesi havada iken gerçekleşir. Döllenmeden sonra kraliçe arı kovana geri dönerken erkek arılar genellikle hayatlarını kaybederler.
Çiftleşme döneminde kraliçenin 3-12 arasında uçuş yaptığı ve her defasında başka bir erkek arıyla çiftleştiği tespit edilmiştir. Tek bir erkek arının spermleri bu keseyi doldurmaya yetmediği için kraliçe birden fazla erkek arıdan sperm alır.51 Döllenmeden sonra erkek arılardan gelen bütün spermler sperm kesesinde biriktirilir. Kraliçe, 4-5 senelik ömrü boyunca çiftleşme uçuşu sırasında edindiği bu spermleri kullanacaktır.52 Döllenmiş bir kraliçe arının keseciğinde (spermatheca'da) ortalama olarak 6 milyon sperm bulunur.53 Diğer pek çok canlıdaki üreme hücrelerinin aksine erkek arıların spermleri kraliçenin vücudunda bozulmadan senelerce muhafaza edilebilecek bir yapıya sahiptir. Bu da arının vücudundaki kusursuz tasarımın başka bir yönüdür.
Spermler kraliçe arının vücudunda biriktirilir. Ancak spermler yumurtlama sırasında kendileri gidip de dölleme yapamazlar. Yumurtaların döllenmesini her aşamasında kontrol eden kraliçedir. Kraliçe arı bu keseden kendi isteğine göre sperm bırakarak döllenmeyi düzenler.