Hz. İsa'nın ikinci kez yeryüzüne gelişi, yukarıda açıklandığı gibi Hz. Mehdi'nin görevlerini yerine getirdiği “ÜÇÜNCÜ SAFHA”da gerçekleşecektir. Bu dönemde Hz. Mehdi, Peygamberimiz (sav)'in halifesi yani İslam aleminin manevi lideri sıfatıyla dünya çapındaki tüm Müslümanlar arasında İslam Birliği'ni sağlamış olacak ve lider konumunda olacaktır. Aynı dönemde iki ayrı şahsın Peygamberimiz (sav)'in halifesi yani Müslümanların manevi lideri vasfını taşıması ise söz konusu değildir. Nitekim Hz. İsa geldiğinde, Hz. Mehdi'nin bu durumunda bir değişiklik olmayacak, Hz. İsa da Hz. Mehdi'ye yardımcı olacaktır.Peygamberimiz (sav)'in hadislerinde bu durum açıkça ifade edilmiş; Hz. Mehdi ve Hz. İsa'nın birlikte namaz kılacakları ve Hz. İsa'nın “imamlık sana verilmiştir” diyerek Hz. Mehdi'yi imamlığa bizzat kendisinin geçireceği bildirilmiştir. Bu hadislerden bazıları şöyledir:
İmamları salih bir insan olan Mehdi olduğu halde, Beytü’l Makdis’e sığınırlar. Orada imamları kendilerine sabah namazını kıldırmak için öne geçtiği bir sırada, bir de bakarlar ki, Meryem oğlu İsa sabah vaktinde inmiştir. Mehdi, Hz. İsa'yı öne geçirmek için arkaya çekilir. HZ. İSA ONUN OMUZLARINA ELİNİ KOYAR VE ONA DER Kİ, "GEÇ ÖNE NAMAZI KILDIR. ZİRA KAMET (namaza başlama işareti) SENİN İÇİN GETİRİLMİŞTİR." (Ebu Rafi'den rivayet edilmiştir; İmam Şarani, Ölüm, Kıyamet, Ahiret ve Ahir Zaman Alametleri, Bedir Yayınevi, s. 495-496)... Nihayet Meryem oğlu İsa Müslümanların emiri (Hz. Mehdi) ona: Gel bize namaz kıldır, der. Bunun üzerine İsa: Hayır, Allah’ın bu ümmete bir ikramı olarak sizin bir kısmınız diğer bir kısım üzerine emirlersiniz, der. (Sahih-i Müslim, c. 1, s. 209)
Peygamberimiz (sav)'in bu hadisleri son derece anlaşılırdır. Açıktır ki Allah’ın takdiri gereği Hz. İsa, Hz. Mehdi de bir eftaliyet yani üstünlük görmekte ve ona tabi olmaktadır. Bu durum, Peygamberimiz (sav)'in hadislerinde önemle vurgulanmıştır. Bediüzzaman da eserlerinde bu konuyu açıklamış; yeryüzüne ikinci kez gelişinde Hz. İsa’nın Hz. Mehdi'ye tabi olacağını ifade etmiştir:
... Hattâ "Hazret-i İsa Aleyhisselâm gelir. Hazret-i Mehdi'ye namazda iktida eder (uyar), tâbi' olur." diye rivayeti, bu ittifaka (birleşmeye) ve hakikat-i Kur'aniyenin metbuiyetine (Kur'an hakikatlerine uyulmasına, tabi olunmasına) ve hâkimiyetine işaret eder.(Şualar, s. 587)Bediüzzaman bu sözlerinde Peygamberimiz (sav)'in bahsi geçen hadisinde anlatılanların açıklamasını yapmıştır. Hz. İsa'nın namazda imamlığı Hz. Mehdi'ye vermesinin, “Hz. Mehdi'nin üçüncü görevi gereği Hıristiyan dünyasıyla yapacağı ittifakın, Hıristiyan dünyasının Müslümanlığa dönmesi ve Kuran’a tabi olmasıyla sonuçlanacağını” açıklamıştır.Bediüzzaman'ın yaptığı açıklamalara göre “bu ittifak sırasında Hz. Mehdi İslam aleminin, Hz. İsa da Müslümanlığa dönmüş olan Hıristiyan aleminin manevi lideri olacaktır. Ama Hıristiyanlığın Kuran’a tabi olmasından dolayı, Peygamberimiz (sav)'in halifesi yani tüm Müslümanların manevi liderliği vasfını Hz. Mehdi taşıyacaktır. Dolayısıyla “Hz. Mehdi, bu dönemde “hem Müslüman aleminin hem de Müslüman olmuş Hıristiyan dünyasının manevi lideri olacaktır”.